物质学院高度重视科技创新、科教结合与学科交叉。在材料、能源、环境领域，逐步形成具有原创性的国际研究智库，并努力创造一个稳定、自由、鼓励交叉融合的科研教学环境。学院依托中科院丰富科研资源，合力在院内构建研发机构和科研平台，开展高水平的科研工作。同时，通过与中科院科研机构合作，承担国家重大科研任务。物质学院分为四大交叉科学部门，分别为系统材料研究部、光子科学与凝聚态物理研究部、材料与物理生物学研究部和大科学平台发展研究部。